ハブ対策をおもな目的に、1910年に沖縄島と渡名喜島に放されたものが、沖縄島で生き残って増えました。伊江島や石垣島でもハブ対策やネズミ対策として放されたことがありますが、定着はしなかったと考えられます。県外では、奄美大島（1979年）や鹿児島県本土部（1980年以前）にも定着しています。

県内の分布（赤色）：沖縄島

過去に侵入したことがある島（黄色）：渡名喜島・伊江島・石垣島

沖縄県ではやんばる地域の希少動物を守るために、平成12年度より環境省と分担して、沖縄島北部でマングースの駆除をおこなってきました。カゴ罠に加え、より効率的な筒罠（捕殺式の罠）を併用し始めた平成20年度以降、マングースの分布域を大幅に縮小させてきています。

平成17年度以降は「マングース北上防止柵」を3本設置し、柵以南の地域からのマングースの侵入を防ぐとともに、柵で囲われたエリア内での徹底的な捕獲を行っています。第一北上防止柵以北、第一北上防止柵～第二北上防止柵（第一バッファーゾーン）、第二北上防止柵～第三北上防止柵（第二バッファーゾーン）と区分しています。

沖縄県が担当するこれらの地域での駆除は、より以北の地域へのマングースの侵入を食い止めるために重要です。複数の種類の罠に加え、探索犬も導入して駆除を行っています。

①第一バッファーゾーン

この地域では、CPUE（捕獲努力量あたりの捕獲数）はおおむね一貫して低下しており、マングースの低密度化を達成しつつあると判断しています。現在は、残存・流入個体の排除を目指した対策に移行しつつあります。

②第二バッファーゾーン

第一バッファーゾーンへのマングース流入対策として、平成29年度よりこの地域でも捕獲を開始しました。まだ全域でマングースが捕獲される状況のため、引き続き捕獲を継続し、マングースの低密度化を達成する必要があります。

③第一北上防止柵以北の地域

この地域では当初は沖縄県も対策を行っていましたが、現在では環境省が担当しています。希少種の多く生息する地域であるため、この地域からのマングースの完全排除を目指しています。これまでの駆除により、マングースの捕獲努力量あたりの捕獲数は着実に減少しています。また、マングースの確認地点は、おおむね地域の南部に限られるようになってきています。