ハブ対策をおもな目的に、1910年に沖縄島と渡名喜島に放されたものが、沖縄島で生き残って増えました。伊江島や石垣島でもハブ対策やネズミ対策として放されたことがありますが、定着はしなかったと考えられます。県外では、奄美大島（1979年）や鹿児島県本土部（1980年以前）にも定着しています。

県内の分布（赤色）：沖縄島

過去に侵入したことがある島（黄色）：渡名喜島・伊江島・石垣島

沖縄県ではやんばる地域の希少動物を守るために、2000年度から環境省と分担して、沖縄島北部でマングースの駆除をおこなってきました。カゴ罠に加え、より効率的な筒罠（捕殺式の罠）を併用し始めた2008年度以降、マングースの分布域を大幅に縮小させてきています。

2005年度以降は「マングース北上防止柵」を3つ設置し、柵以南の地域からのマングースの侵入を防ぐとともに、柵で囲われたエリア内での徹底的な捕獲を行っています。第一北上防止柵以北、第1バッファーゾーン（第一北上防止柵～第二北上防止柵）、第2バッファーゾーン（第二北上防止柵～第三北上防止柵）と区分し、第一柵以北での防除は環境省が、バッファーゾーン以南での防除は沖縄県が担当しています。

2024年現在、この地域では、1,400台程度のわなが常時稼働しています。CPUE（捕獲努力量あたりの捕獲数）は順調に減少しており、2022年度には、1年を通じての捕獲数が0頭となりました。現在は、残存・流入個体の排除を目指した対策を行っています。

第1バッファーゾーンへのマングース流入対策として、2017年度からこの地域でも捕獲を開始しました。2024年現在、この地域では、2,300台程度のわなが常時稼働しています。CPUEは概ね減少傾向で、第二北上防止柵付近で捕獲される個体が少なくなってきてはいますが、未だ多数のマングースが捕獲される状況のため、引き続き捕獲を継続し、マングースの低密度化を達成する必要があります。

この地域は、当初は沖縄県も対策を行っていましたが、現在では環境省が担当しています。希少種の多く生息する地域であるため、この地域からのマングースの完全排除を目指しています。これまでの駆除により、マングースの捕獲努力量あたりの捕獲数は着実に減少しています。また、マングースの確認地点は、おおむね地域の南部に限られるようになってきています。